Razvojne odločitve na ravni regije v skladu z ZSSR-2 sprejemajo:

• razvojni svet regije,
• svet regije in
• razvojni svet kohezijske regije.

Kot organa razvojnega usmerjanja, nadzora in odločanja sta v Pomurski regiji vzpostavljena:

• Razvojni svet Pomurske regije, ki ga sestavljajo predstavniki občin, gospodarstva, NVO, predstavnik madžarske narodnostne manjšine in predstavniki območnih razvojnih partnerstev,
• Svet Pomurske razvojne regije, ki ga sestavljajo župani vseh pomurskih občin.

Kohezijsko regijo Vzhodna Slovenija tvorijo naslednje razvojne regije (teritorialne enote NUTS-3): Pomurska, Podravska, Koroška, Savinjska, Spodnjeposavska, Zasavska, Jugovzhodna Slovenija in Notranjsko-kraška.  

Razvojni svet kohezijske regije, skladno z Uredbo o razvojnem svetu kohezijske regije (Uradni list RS, št. 33/2013), sestavljajo predstavniki razvojnih regij, povezanih v kohezijsko regijo. Vsaka razvojna regija ima v svetu pet predstavnikov. Pri opravljanju nalog svet sodeluje z ministrstvi, regijami, občinami, združenji gospodarskih dejavnosti, samoupravnima narodnima skupnostma ter javnimi in nevladnimi organizacijami. Mandat sveta je enak programskemu obdobju.

Razvojni svet kohezijske regije ima pristojnost, da poda soglasje pristojnemu ministrstvu Vlade RS k vsebini partnerskega sporazuma z EU in operativnih programov s področja politik Evropskega sklada za regionalni razvoj in Evropskega socialnega sklada, kot ključnih razvojnih dokumentov za črpanje EU-sredstev.

V regiji je vzpostavljena tudi Regijska razvojna mreža Pomurje, ki vključuje regijske institucije.